تھائیول میں، سلفر ایٹم ایک غیر برابر ایس پی ہائبرڈ حالت میں ہوتا ہے، ایس پی ہائبرڈائیشن اوربٹلز جو کہ دو اکیل الیکٹرانوں سے بھرے ہوتے ہیں، ہائیڈروکاربائل کاربن اور ہائیڈروجن کے ساتھ مخصوص ایک سگما بانڈ بناتے ہیں، اور دو دوسرے دو ایس پی ہائبرڈز کو دو جوڑی الیکٹرانوں کے لون پیئرز بھرتے ہیں۔ کیونکہ سلفر کے 3s اور 3p اوربٹلز سے بنائے گئے ہائبرڈ اوربٹلز اوکسیجن کے 2s اور 2p اوربٹلز سے بنائے گئے ہائبرڈ اوربٹلز سے بڑے ہوتے ہیں، لہذا C-S اور S-H بانڈز C-O اور O-H بانڈز سے زیادہ لمبے ہوتے ہیں۔

میتھل مرکاپٹن میں C-S اور S-H بانڈ لمبائیاں 0.182 نینومیٹر اور 0.134 نینومیٹر تھیں، جو دونوں میتھینول میں C-O اور O-H بانڈز سے زیادہ لمبے تھے۔ ∠CSH 96° ہے، جو ∠COH سے کم ہے۔

سلفر کا الیکٹرونیگیٹوٹیوٹی اوکسیجن سے کم ہے، لہذا تھائیل ڈائپول مومنٹ بھی متناسب الکحل سے کم ہے۔