Z wyjątkiem tego, że metylomerkaptan jest gazem w temperaturze pokojowej, inne merkaptany są ciekłe lub stałe. Cząsteczki tioli wykazują przyciąganie dipolowe, ale jest ono mniejsze niż przyciąganie dipolowe między cząsteczkami alkoholi, nie ma również wyraźnego wiązania wodorowego między cząsteczkami tioli, a także brak oczywistego skojarzenia. Dlatego temperatura wrzenia tioli jest wyższa niż alkana o podobnej masie cząsteczkowej, niż alkoholu o podobnej masie cząsteczkowej, a podobna do tiotera o podobnej masie cząsteczkowej.

Tiola nie tworzy dobrego wiązania wodorowego z wodą, dlatego rozpuszczalność merkaptanu w wodzie jest znacznie mniejsza niż rozpuszczalność odpowiadającego alkoholu. W temperaturze pokojowej rozpuszczalność etanotiolu w wodzie wynosi tylko 1,5 g/100 ml.

Niskiej jakości merkaptany mają silny i obrzydliwy zapach, a zapach etanotiolu jest szczególnie wyraźny, dlatego etanotiol jest powszechnie stosowany jako środek ostrzegawczy w gazie ziemnym, aby ostrzec przed wyciekiem gazu ziemnego. Jednak wraz ze wzrostem masy cząsteczkowej zapach merkaptanu staje się słabszy, a merkaptan o więcej niż dziewięciu węglach ma przyjemny zapach.