Kecuali metil merkaptan adalah gas pada suhu kamar, merkaptan lainnya berwujud cair atau padat. Molekul tiol memiliki daya tarik dipol, tetapi lebih rendah daripada daya tarik dipol antara molekul alkohol, dan tidak ada ikatan hidrogen yang jelas antara molekul tiol, serta tidak ada asosiasi yang jelas. Oleh karena itu, titik didih tiol lebih tinggi daripada alkana yang memiliki berat molekul serupa, lebih rendah daripada alkohol yang memiliki berat molekul serupa, dan mirip dengan tioeter yang memiliki berat molekul serupa.

Thiol tidak membentuk ikatan hidrogen yang baik dengan air, sehingga kelarutan merkaptan dalam air jauh lebih kecil daripada alkohol yang sesuai. Pada suhu ruangan, kelarutan etantiol dalam air hanya 1,5g/100mL.

Mercaptan kelas rendah memiliki bau yang kuat dan menjijikkan, dan bau etantiol sangat kentara, sehingga etantiol umumnya digunakan sebagai agen peringatan dalam gas alam untuk memperingatkan kebocoran gas alam. Namun, seiring dengan peningkatan berat molekul, bau mercaptan menjadi lebih lemah, dan mercaptan dengan lebih dari sembilan karbon memiliki bau yang menyenangkan.