मैथाइल मर्कैप्टेन केवल कमरे के तापमान पर एक गैस है, अन्य मर्कैप्टेन तरल या ठोस होते हैं। थायोल मोलेक्यूल में डाइपोल आकर्षण होता है, लेकिन यह एल्कोहल मोलेक्यूल के बीच डाइपोल आकर्षण से कम है, और थायोल मोलेक्यूल के बीच कोई स्पष्ट हाइड्रोजन बॉन्डिंग नहीं है, और कोई स्पष्ट संघ नहीं है। इसलिए, थायोल का उबालने का बिंदु एक समान मोलेक्यूल वजन वाले एल्केन के उबालने के बिंदु से अधिक होता है, एक समान मोलेक्यूल वजन वाले एल्कोहल के उबालने के बिंदु से कम होता है, और एक समान मोलेक्यूल वजन वाले थायोथेर के उबालने के बिंदु के समान होता है।

थायोल पानी के साथ अच्छा हाइड्रोजन बॉन्ड नहीं बनाता है, इसलिए मर्कैप्टन की पानी में घुलनशीलता उस सम्बंधित एल्कोहल की तुलना में कहीं अधिक कम होती है। कमरे के तापमान पर, इथेनथायोल की पानी में घुलनशीलता केवल 1.5 ग्राम/100 मिलीलीटर है।

कम गुणवत्ता वाले मर्कैप्टेन्स की एक मजबूत और घिनौनी गंध होती है, और इथेनथायल की गंध विशेष रूप से प्रभावी होती है, इसलिए इथेनथायल को प्राकृतिक गैस में चिपकने की चेतावनी देने के लिए सामान्य रूप से उपयोग किया जाता है। हालांकि, जब मोलेक्यूलर वजन बढ़ता है, तो मर्कैप्टेन की गंध कमजोर हो जाती है, और नौ से अधिक कार्बन वाले मर्कैप्टेन की गंध सुखद होती है।