Sauf que le méthyl mercaptan est un gaz à température ambiante, les autres mercaptans sont liquides ou solides. Les molécules de thiol ont une attraction dipolaire, mais elle est inférieure à l'attraction dipolaire entre les molécules d'alcool, et il n'y a pas de liaison hydrogène évidente entre les molécules de thiol, et il n'y a pas d'association évidente. Par conséquent, le point d'ébullition du thiol est plus élevé que celui de l'alcane ayant un poids moléculaire similaire, plus bas que celui de l'alcool ayant un poids moléculaire similaire, et similaire au thioéther ayant un poids moléculaire similaire.

Le thiol ne forme pas de bon lien hydrogène avec l'eau, donc la solubilité du mercaptan dans l'eau est beaucoup plus faible que celle de l'alcool correspondant. À température ambiante, la solubilité de l'éthanethiol dans l'eau n'est que de 1,5 g/100 mL.

Les mercaptans de bas grade ont une odeur forte et dégoûtante, et l'odeur de l'éthanethiol est particulièrement prononcée, c'est pourquoi l'éthanethiol est couramment utilisé comme agent d'alerte dans le gaz naturel pour avertir d'une fuite de gaz naturel. Cependant, à mesure que le poids moléculaire augmente, l'odeur du mercaptan devient plus faible, et le mercaptan de plus de neuf carbones a une odeur agréable.