Mit Ausnahme von Methylmercaptan, das bei Raumtemperatur ein Gas ist, sind andere Mercaptane flüssig oder fest. Die Thiolmoleküle haben eine Dipolanziehung, die jedoch geringer ist als die Dipolanziehung zwischen den Alkoholmolekülen, und es gibt keine offensichtliche Wasserstoffbrückenbindung zwischen den Thiolmolekülen, und es gibt keine offensichtliche Assoziation. Daher ist der Siedepunkt des Thiols höher als der von Alkanen mit ähnlichem Molekulargewicht, niedriger als der von Alkoholen mit ähnlichem Molekulargewicht und ähnlich dem von Thioethern mit ähnlichem Molekulargewicht.

Thiol bildet keine guten Wasserstoffbrückenbindungen mit Wasser, daher ist die Löslichkeit von Mercaptan in Wasser viel geringer als die des entsprechenden Alkohols. Bei Raumtemperatur beträgt die Löslichkeit von Ethanthiol in Wasser nur 1,5 g/100 ml.

Niedriggradige Mercaptane haben einen starken und widerlichen Geruch, und der Geruch von Ethanthiol ist besonders ausgeprägt, daher wird Ethanthiol häufig als Warnmittel in Erdgas verwendet, um vor Erdgaslecks zu warnen. Allerdings wird der Geruch des Mercaptans schwächer, wenn das Molekulargewicht zunimmt, und der Mercaptan mit mehr als neun Kohlenstoffen hat einen angenehmen Geruch.